分子模拟软件 Welcome to SIOC-CCBG group
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分子模拟软件

本课题组自成立以来,坚持使用正版的商业分子模拟和设计软件,投入大量经费购买主流的商业软件。其中包括有:


CCDC GOLD v3.2 v4.1 v5.0 v5.2 对接软件:
谢菲尔德大学蛋白质计算软件 该软件是用于“蛋白质-配体对接”的计算程序。是谢菲尔德大学(University of Sheffield),英商葛兰素史克(GlaxoSmithKline PLC) 和 剑桥晶体学数据中心 CCDC (Cambridge Crystallographic Data Centre) 之间合作研究的项目。 GOLD在分子模型塑造领域被一致公认具有非常高的准确性和可靠性。

Accelrys Discovery Studio v2.55, v3.0, v3.1, v3.5, v4.1 分子模拟软件:
Accelrys Discovery Studio是面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、结构生物学家、药物化学家、计算生物学家和计算化学家,应用于蛋白质组、基于靶点药物研究,为科学家提供易用的蛋白质模拟、优化和基于结构药物设计工具。通过高质量的图形、多年验证的技术以及集成的环境,DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起,为研究队伍的合作与信息共享提供平台。 建立在最新的流程管理平台Pipeline Pilot基础上的DS让数据的共享和交流变得更为方便和简洁,同时这个开放平台技术还为使用者整合自己的或第三方的软件工具提供了接口。科研人员可以在一个统一的平台上完成从基因到先导化合物设计的一系列工作。 DS目前的主要功能包括:蛋白质的表征、同源建模、X-ray分析、基于结构药物设计工具(包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接)。DS可以应用于生命科学以下研究领域:生物信息学、结构生物学、酶学、免疫学、病毒学、遗传与发育生物学、肿瘤研究、新药开发。

CCG的Schrodinger 2008 2009 2010 2014 2015 2016 设计软件:
Schrodinger(薛定谔)是药物发现的完整软件包,包括:基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式;基于受体结构及配体极性的对接模式;基于受体结构及溶液环境性质的对接模式;组合化学库设计及基于组合库的对接模式;基于配体结构的药物设计,药效团和3D-QSAR;生物分子结构模拟,蛋白、糖、核酸、小肽等;基于靶点的药物设计;ADME性质预测。

MOE 2010 2011 2015 2016分子模拟软件:
MOE由Chemical Computing Group公司推出的Molecular Operating Environment(简称MOE)软件不失为一款全新设计的极具竞争性的新软件。MOE能够在Windows, Linux和UNIX,如SGI IRIX,SUN SOLARIS,HP-UX,IBM AIX等系统下运行,有图形界面和命令行方式,还可以配置在服务器上供网络用户使用。此外,MOE还提供了脚本语言Scientific Vector Language(简称SVL),可以由用户编程实现各种自定义的功能。实际上,MOE自身也是通过内置的SVL程序实现。

MOE的应用范畴
MOE在生物信息学、化学信息学、高通量研究、分子设计、蛋白质模拟、分子模拟等领域都有应用。在生物信息学方面如同源序列标识、对比;化学信息学方面如结构描述子计算及结构相似性与差异性表征、构象数据库、三维结构查询、药效团定位等;在高通量研究方面有高通量筛选分析、二维构效关系研究、组合化学分子库合成等;在分子设计方面有活性位点探测、分子对接、碎片分析等;在蛋白质模拟方面有同源模拟、突变进化、力学分析等;在分子模拟方面有力场和静电势分析、动力学研究、三维分子建造、分子表面研究等。除此以外,MOE在计算技术上还支持集成式和分布式运算。

Gaussian v2003 v2009高斯量化计算软件:
GAUSSIAN是一个量子化学软件包,它是目前应用最广泛的计算化学软件之一,其代码最初由理论化学家、1998年诺贝尔化学奖得主约翰·波普爵士编写,其名称来自于波普在软件中所使用的高斯型基组。使用高斯型基组是波普为简化计算过程缩短计算时间所引入的一项重要近似。Gaussian软件的出现降低了量子化学计算的门槛,使得从头计算方法可以广泛使用,从而极大地推动了其在方法学上的进展。最初,Gaussian的著作权属于约翰·波普供职的卡内基梅隆大学,目前其版权持有者是Gaussian, Inc.公司

Certara / Tripos公司的Sybyl6.9,Sybyl7.3,Sybyl8.1, sybyl-x 2.1各版本的模拟软件:
SYBYL是最全面的药物与分子设计专业工具,提供了综合的分子模拟工具——结构搭建、优化、比较;结构与相关数据可视化;注解、硬拷贝、以及屏幕截图;此外,全部的用户界面重新设计以节约时间并简化了工作流。
1. 基于配体的设计:构效关系建模,药效团生成以及分子叠合等关键的基于配体的设计任务都包含在SYBYL-X软件包里。还包括快速、高效的配体准备工作流。
2. 基于受体的设计:诸如蛋白-配体对接,虚拟筛选,先导物优化之类基于受体的设计关键任务可以用SYBYL-X的核心科技与工作流来解决。在分子对接技术方面,还包括自定义打分函数。
3. 用R-基团虚拟筛选技术实现先导化合物的跃迁:用SYBYL-X的R-基团虚拟筛选技术,可以为你的先导物找到活性更好的高质量新R-基团。
4. 结构生物学:SYBYL-X有着当今最先进、最现代的同源建模技术与工作流。用来解决诸如生物大分子建模以及生物信息学分析之类的结构生物学设计任务。同源蛋白识别、从序列预测结构与功能、配体结合位点分析以及3D建模技术等都包含在SYBYL-X软件包里面。
5. 化学库的设计:真正多样、具有代表性以及合成可行性的化合物数据集(库)可以在先导物识别与优化中加快识别活性小分子的速度。SYBYL-X提供的核心技术与工作流应用可以解决库的建立以及分子多样性提升等问题。
6. 化学信息学:从高通量与组合化学技术等现代研究方法产生的海量数据中提取有用的信息。化学与生物学数据是药物发现项目成功的关键,你需要对数据存储、搜寻、浏览 ,并用合适的工具进行数据挖掘、分析、结构表征与优化。

ACD/Percepta平台软件:
ACD/Percepta平台作为行业领先的性质预测及先导物优化设计工具为科学家的研发工作提供最优质、灵活的服务和帮助。软件在无缝衔接的运行环境下提供包括理化性质、ADME-Tox性质的准确预测、实验数据库参考、基于性质的先导物优化设计等完整方案。


其他软件:
另外还有MDL的数据库,上海有机化学研究所购买的ChemOffice2008软件。

此外,还有一些课题组自主开发的软件,如经验打分函数软件XSCORE,分子格式化与识别软件I-interpret,分配系数预测软件XLOGP3,溶解度预测软件XLOGS,锌离子力场参数文件产生工具,分子设计集成环境根据ITMD,CCBG-CMS化合物管理系统,AT&T先导化合物的发现及结构优化软件,蛋白-配体复合物亲合性PDBbind-CN数据库系统等等