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CASF打分函数体系构建综述发表在《中国科学:化学》

  • 关键字: CASF 打分函数体系构建 发布者:宣传部 发布时间:2015-08-21 16:23:18 点击数: 1294次

本课题组应《中国科学:化学》杂志邀请,于近期发表关于构建药物-靶标亲合性打分函数的评价方法体系的综述文章。定量计算药物-靶标亲合性一直是分子靶向药物设计中的核心问题之一。 亲合性打分函数适用范围宽、计算速度快、且精度良好, 特别适合与分子对接等方法联用, 在药物研发中得到了广泛的应用。 经过20多年的发展, 目前存在数量繁多的打分函数, 这些方法难免良莠不齐。 建立客观公正的针对打分函数性能的评价体系, 不仅可以帮助用户做出合理的选择, 也为发展打分函数的理论研究人员提供依据, 因此是打分函数研究领域中的一个基础问题。 近年来, 我们逐步发展了评价药物-靶标亲合性打分函数性能的方法体系(comparative assessment of scoring functions, CASF), 为解决该问题提供了一种可行的方案。 我们提出了一整套衡量打分函数性能的基本指标, 为每种指标设计了相应的定量方法, 并确立了将打分过程与构象采样过程分开处理的原则。 我们的方法体系中所使用的测试集, 源自对PDBbind-CN数据库中蛋白-配体复合物样本的层层筛选, 质量较高并且具备结构多样性的特点。 与前人的类似工作相比, 我们的方法体系具有较强的系统性和先进性, 受到了国内外同行的广泛认可和应用。 本文介绍了我们建立的CASF方法体系的设计思想、获得的重要研究成果以及学术影响。

 

Zhihai Liu, Jie Li, Li Han, Yan Li * and Renxiao Wang *, "Construction of Evaluation System for Drug-Target Scoring Functions", Scientia Sinica Chimica, 2015, 45(9):949-960.

 

http://chem.scichina.com:8081/sciB/CN/abstract/abstract518418.shtml